En el contexto del desafío independentista Di Rupo ha tomado posición en varias ocasiones, creando incluso tensiones con el Gobierno por criticar el modo en que se gestionó la crisis.
Elio di Rupo ha reafirmado su "total oposición a la actitud" de Puigdemont después de que el eurodiputado, Ramon Tremosa, haya pulibcado una foto en sus redes sociales.